Hvordan virker chem?

Chem er et pythonprogram, der læser en tekstfil og ud fra dette genererer c-kode. Denne kode oversættes med en c-kompiler (gcc), og til sidst køres det c-program, der lige er lavet.

At læse en tekstfil og lave et c-program ud fra den er i princippet enkelt, men i praksis er der mange ting der skal tages højde for. Derfor er parserkoden temmelig kompliceret. Hvis du vil vide mere så kig i chems kildekode (den findes i /amd/kirstine/vol/store/opt/kemigf/chem på studenterserveren).
Kernen i c-programmet til integration af kemiske differentialligninger er cvode, der er et bibliotek til numerisk integration af differentialligninger. cvode kan hentes fra netlib og indeholder, ud over selve biblioteket, også en udførlig manual. Hvis du er interesseret i en introduktion til numerisk løsning af differentialligninger så læs i Numerical Recipes.
Der findes to udgaver af chem. Den ene (chem) bruger Mathematica til at udregne differentialligningssystemets Jacobian symbolsk, mens den anden version (chemd) bruger en numerisk udregnet Jacobian. Fordelen ved at bruge en numerisk udregnet Jacobian er, at man ikke er afhængig af Mathematica for at kunne køre chem. På studenterserveren bruges chemd.

Da chems kildekode findes på studenterserveren, kan alle med adgang til denne server kopiere den og køre chem på et hvilket som helst andet Linux- eller UNIX-system hvor cvode, en pythonkompiler og gcc er installeret. Hvis du gør dette, så skriv venligst en e-mail til chems forfatter Preben Graae Sørensen. Der findes også et DOS-program ved navn kci, der kan arbejde med den samme type tekstfiler som chem. Det kan hentes her. Advarsel: kci indeholder en række fejl, der ikke vil blive rettet. Det kan dog sagtens bruges til at "rode lidt" med chem-filer på en windowscomputer.

Alternativt kan windowsbrugere hente programmet Gepasi, der også er et program til integration af kemiske reaktionssystemer. Det bruger et helt andet format end chem.